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第一季结尾中,侯烨、塔塔、裘莎莎和朱志摩四人,意外收到了组织的录取通知书,各自都成为了新人特工训练局的一员。这一季的故事会为孩子们营造一个既神秘又神奇的“外星事务管理局”(简称BEA),这样一个历史悠久的,为了保护地球而设立的庞大机构。而侯烨等孩子们就是被这个神秘机构所选中,成为了实习小特工,见识到了各种令人尖叫的存在。孩子们随着主角侯烨的经历,体会成长的烦恼与欢乐,明白要有怎样的担当才能称为真正的成长,以及这份接踵而至的责任感。